W miejscu dzisiejszego miasta pierwotnie znajdowała się warownia założona około X-XI w., broniąca granic Mazowsza, pierwotnie przed Prusami, później przed Krzyżakami. Istniejące wzmianki o niej, datowane na rok 1238, opisują osadę nazywaną Budegac. Została ona zdobyta przez Zakon w XIII wieku.

   W roku 1339 kasztelan bydgoski Maciej, składa w procesie polsko-krzyżackim obciążające Krzyżaków zeznania. Po zakończeniu wojny, na mocy pokoju kaliskiego miasto powraca do Polski. W roku 1346 król Polski, Kazimierz Wielki, nadaje Bydgoszczy prawa miejskie. Na rok 1347 datowana jest budowa zamku bydgoskiego. Była to murowana warownia o dwóch wieżach, w tym jednej wieży bramnej. Znajdowała się nad brzegiem Brdy, przy zbiegu dzisiejszych ulic Grodzkiej i Przy Zamczysku. W roku 1398 Bydgoszcz zostaje zdobyta przez Krzyżaków, lecz natychmiast przybywa z odsieczą Władysław Jagiełło. Po tej napaści mury okrążające miasto zostały wzmocnione.

   Miasto rozwija się dynamicznie: w XV wieku rozbudowuje się o kolejne przedmieścia, budowane są młyny i spichlerze, rozwija się handel, głównie zbożem, i szkolnictwo, a nawet zbudowany jest wodociąg miejski. Przez pewien okres w mieście znajdowała się również mennica. W roku 1600 miasto liczy 5 tys. mieszkańców.

   W wieku XVII miasto cierpi w wyniku Potopu Szwedzkiego: w roku 1655 zajmują je Szwedzi, w 1656 wysadzony zostaje zamek. Ruiny nigdy nie zostają odbudowane.

   W roku 1772, w wyniku I rozbioru Polski, Bydgoszcz znajduje się w granicach Prus. Miasto rozwija się, równocześnie prowadzona jest silna germanizacja ludności. W latach 1773-1774 odzyskuje swoją wagę gospodarczą poprzez budowę Kanału Bydgoskiego, stając się portem wewnątrz lądowym łączącym rzekę Brdę i Wisłą z Notecią i Wartą. Wiek XIX oznacza ostateczne zniwelowanie resztek zamku i fos, na tym terenie w roku 1879 powstają spichrze. Bydgoszcz powraca pod polskie władanie 19 lutego 1807 roku, w wyniku utworzenia Księstwa Warszawskiego, aby po Kongresie Wiedeńskim w roku 1815 znaleźć się na terenie Prus.

   19 stycznia 1920 roku Bydgoszcz powraca do Polski. Jednak nie na długo - 5 września 1939 wkraczają tu wojska niemieckie. Wycofujące się polskie jednostki wojska i samoobrony walczą również z proniemieckimi jednostkami dywersyjnymi. Po wkroczeniu Niemców następują czasy terroru, publiczne egzekucje tysięcy ludzi, przede wszystkim inteligencji polskiej, i wywózki w głąb Rzeszy. Szacuje się, że podczas wojny łącznie zginęło 36 tys. bydgoszczan. Miasto wyzwolone zostaje 26 stycznia 1945. Za swój opór przeciwko najazdowi nazistowskich Niemiec w 1939 roku, po wojnie, w 1946 roku, w swoją 600-letnią rocznicę, miasto zostaje odznaczone Krzyżem Grunwaldzkim III klasy.